In deutlicher Unterscheidung zur Motopädagogik ist Mototherapie eine ärztlich verordnete Maßnahme. Sie schließt in der Gesundheitsversorgung die Lücke zwischen Psychotherapie und Physiotherapie. Mototherapie meint die Behandlung von schon manifesten Störungen oder Behinderungen mit dem Ziel, diese Störungen oder Behinderungen abzubauen oder zumindest deren Verschlimmerung zu verhindern. Mototherapie ist insbesondere dann angezeigt, wenn Bewegungsstörungen zusammen mit Wahrnehmungs- und Verhaltensstörungen ein Ausmaß von krankheitswert erreicht haben, wenn sie weder mit pädagogischen Maßnahmen noch mit funktionaler Therapie zu regulieren oder korrigieren sind. Eine mototherapeutische Behandlung ist bei Kindern, Jugendlich und Erwachsenen geboten, die aufgrund von Wahrnehmungs- und zugleich Bewegungsstörungen in ihrer körperlichen und psychischen Entwicklung und infolge dessen in ihrem gesamten Lern- und Sozialverhalten auffällig oder auch erheblich beeinträchtigt sind. Dabei können die Ursachen sowohl in gestörten Reifungsprozessen, traumatisierenden (körperlichen, seelischen, sozialen) Ereignissen, wie auch in degenerativen Dispositionen liegen.
Grundlage der Mototherapie ist die Berücksichtigung der Einheit von Wahrnehmung, Motorik, Erleben und Handeln im Sinne eines humanistischen Menschenbildes. Die Mototherapie zielt darauf ab, die gestörten sensomotorischen und psychomotorischen Funktionen zu verbessern, um somit ein angemessenes Leistungs- Bewegungs- und sozial- emotionales Verhalten zu bewirken. Dies trägt zugleich im Rahmen der individuellen Möglichkeiten zur Harmonisierung der Gesamtpersönlichkeit bei.
Während Physiotherapie und Ergotherapie den eher funktionalen Übungsaspekt verfolgen, bewirkt Mototherapie mit ihrem ganzheitlichen Behandlungskonzept den ganzheitlichen Abbau der Störungen des Wahrnehmungs- und Bewegungsverhaltens sowie des sozial- emotionalen Verhaltens. Mototherapeutische Prozesse bedürfen einer differenzierten Therapieplanung auf der Grundlage der diagnostischen Befunde, der fortlaufenden Analyse des Therapieprozesses und der Entwicklung des Klienten, bis hin zur Abschlussuntersuchung. Die zu Behandlungsbeginn stattfindende, prozessbegleitende Diagnostik führt zu fortlaufender Hypothesenbildung und deren Überprüfung, wobei den Rückmeldungen aus dem sozialen Umfeld eine besondere Bedeutung zukommt. Die Informationen aus diesen unterschiedlichen Erhebungen werden aufeinander bezogen und ausgewertet. Für das Erstellen eines Therapieplanes werden sowohl das individuelle Entwicklungsprofil als auch die Daten aus dem sozialen Umfeld herangezogen. Diagnostik und Therapie stehen in diesem Prozess in wechselseitiger Beziehung zueinander.